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Package Name Versions
454 2.9(default)
ABYSS 1.5.2 1.9.0 2.0.2(default)
ALLMAPS 0.5.5(default)
ASTRAL 4.10.12(default) 4.10.7 4.7.12 4.7.8
AlignGraph 2015-06-01(default)
BBMap 35.49(default)
BMGE 1.12(default)
Beagle 4.0(default)
Bio++ 2.2.0(default)
CGAL 0.9.6(default)
DISCOVAR 52488(default)
DISCOVARdenovo 52488(default)
EIG 6.1.4(default)
EVM 1.1.1 r2012-06-25(default)
ExaML 3.0.11 3.0.15 3.0.17(default)
FALCON 0.2.1 3a8a9cc(default)
GAEMR 1.0.1(default)
GAG 1.0 1.1 live(default)
GAL 0.2.2(default)
GARM 0.7.5(default)
GraphMap 0.3.1(default)
HAMR 1.2(default)
HMMSeg 2007-07-26(default)
I-TASSER 4.4(default)
ITSx 1.0.11(default)
JAGS 4.2.0(default)
KronaTools 2.7(default)
LDhat 2.2a(default)
LINKS 1.8.4(default)
MOSAIK 1.0.1388 2.2.26(default)
MP-EST 1.5(default)
MaSuRCA 3.1.3 3.2.1 3.2.1_12082016(default)
NxTrim v0.4.1-53c2193(default)
OMA 0.99.z.3(default)
OWLTools 2015-10-02(default)
PASA 2.0.2(default)
PBSuite 15.8.24(default)
PRIAM aug-2010(default)
PartitionFinder 2.0.0-pre10 2.0.0-pre13(default)
PeakAnalyzer 1.4(default)
PeakAnnotator 1.4(default)
PeakSplitter 1.0(default)
QUAST 3.2 4.0 4.4(default)
R 2.15.3 3.0.2 3.1.3 3.2.0 3.2.1-dev 3.2.2 3.2.3-dev 3.3.0(default) 3.3.0-dev
RAxML 8.1.20 8.2.3 8.2.4 8.2.8(default)
RDPTools 2.0.2(default)
RECON 1.08(default)
REDUCE_suite 2.0(default)
RepeatMasker 1.0.8 4-0-5(default) 4-0-6
RepeatModeler 1.0.8(default)
RepeatScout 1.0.5(default)
SCUBAT 2013-03-21(default)
SNAP 2013-11-29(default)
SOAPdenovo2 r240(default)
SPAdes 3.6.1 3.6.2 3.7.1 3.8.0 3.9.0(default)
STAR 2.5.0a(default)
SeqPrep 1.2(default)
ShortStack 3.4(default)
TARGeT 2.00 2.10(default)
VAAST 2.1.6(default)
admixture 1.3.0(default)
allpathslg 52488
amber 14(default)
amira 6.0.1(default)
amos 3.1.0(default)
anaconda2 4.1.1(default)
antismash 2.1.1(default) 3.0.4
arachne 46233(default)
aragorn 1.2.36(default)
arpackpp 88085d9(default)
aspera 3.3.3 3.6.0(default)
augustus 2.7 3.0.3 3.1(default) 3.2.2
autodock_vina 1.1.2(default)
automake 1.15(default) 1.4
bam2fastq 1.1.0(default)
bamtools 2.4.0(default)
bayenv 20160108(default)
bayesass 3.0.4(default)
bcftools 1.2 1.3.1(default)
bcl2fastq 2.17(default)
beagle 3.3.2 4.1(default)
beagle-lib 2.1 2.1.2(default)
beast 1.8.1 1.8.2 2.1.2 2.2.1(default) 2.3.1
bedops 2.4.14(default)
bedtools 2.24.0 2.25.0(default) 2.26.0 2.26.0_20bda10
bfast 0.7.0a(default)
bgc 1.03(default)
bismark 0.14.3(default)
blasr 5.2(default) 81d8eef
blat 35(default)
blobtools 0.9.17 0.9.19.4(default) 0.9.9
boost 1.44.0 1.59.0 1365(default)
bowtie 1.1.1(default)
bowtie2 2.2.5 2.2.9(default)
braker 1(default)
breakdancer 1.3.6(default)
busco 1.1 1.2(default) 2.0
bwa 0.7.12(default)
cabal 1.22.4.0(default)
cafe 3.1(default)
caffe 2014(default)
canu 1.3(default) ce77820
cap3 2015.4.24.amd(default) 2015.4.24.intel
capnproto 0.5.3(default)
cd-hit 3.1.1 4.6.4(default)
cdbfasta 06272015(default)
cegma 2.5(default)
censor 4.2(default)
chlorop 1.1(default)
circos 0.69(default)
clumpp 1.1.2(default)
cndsrc 2013-01-11(default)
cnv-seq 2014-08-12(default)
cnvnator 0.3.2(default)
coevol 1.4b(default)
coils 2.2(default)
cuda 7.0(default)
cufflinks 2.2.1 b55bb21(default)
db-diamond 20161103(default)
db-kaiju 20170113-e
db-ncbi 20140623 20150112 20160708(default)
db-panther 10.0(default)
db-pfam 2013-03-14(default) 2015-07-27 27.0 28.0
db-priam mar15(default)
db-trinotate r20150720(default)
db-uniprot 2014_12 2015_01 2015_02 2015_03 2015_04 2015_05 2016_11(default)
deconseq 0.4.3(default)
deepnano abdb35f(default)
detonate 1.9(default)
diamond 0.7.10 0.8.17 0.8.23(default)
disopred 3.16(default)
distruct 1.1(default)
diyabc 2.1.0(default)
ea-utils 1.1.2-537(default)
eigen 3.2.10(default)
emboss 6.6.0(default)
emmax 07032010(default)
esom 1.1
espresso 5.3.0(default)
etetoolkit 20160331 20160926(default)
exonerate 2.2.0(default) 2.4.0
express 1.5.1(default)
fasta 36.3.7a(default)
fastq-join db84274(default)
fastq-tools 0.7(default)
fastq_screen 0.5.2(default)
fastqc 0.11.3(default)
faststructure 1.0_e47212f(default)
fasttree 2.1.8(default)
fastx_toolkit 0.0.13(default)
fermikit r178(default)
fftw 3.3.5(default)
figtree 3.1.4(default)
flash 1.2.11(default)
flux-simulator 1.2.2(default)
fraggenescan 1.30(default)
freebayes 9.9.2(default)
freec 9.5(default)
fsa 1.15.9(default)
funannotate 0.4.0 0.5.1 0.5.3 0.5.4(default) git-live
g-phocs 1.2.3(default)
gadgetviewer 1.0.6(default)
gapcloser 1.12-r6(default)
gapfiller 1.10(default)
garli 2.1
gatk 3.3-0 3.3.0 3.4-0 3.4-46 3.4.0 3.4.46 3.5 3.6(default)
gatk-queue 3.3-0 3.4-46 3.6(default)
gblocks 0.91b(default)
geneid 1.4.4(default)
genemarkESET 4.32(default)
genemarkHMM 2.3e 4.21 4.32(default)
genemark_suite 2.5p(default)
genewise 2.4.1(default)
genomemapper 0.4.4(default)
genometools 1.5.6(default)
ggobi 2.1.11(default)
git 2.8.0(default)
git-lfs 0.5.4 1.0.2 1.1.1 1.4.1(default)
glimmer 2.13 3.02(default)
glimmerhmm 3.0.2 3.0.4(default)
gmap 2014.12.28 2015.09.10 2015.12.31(default)
gnuplot 5.0.1(default)
gottcha v20150825(default)
graphlan 7659c52(default)
gromacs 5.1.1(default) 5.1.4 5.1.4-cuda
gurobi 6.5.1(default)
harvest-tools 1.2(default)
hdf-java 3.2.1(default)
hisat2 2.0.1 2.0.5(default)
hmmer 1.8.5 2 2.3.2 3 3.0 3.1b2(default)
homer 4.8(default)
htslib 1.2.1 1.3 1.3.1(default)
hub 2.2.0-44-gb0f092a(default)
humann 0.99(default)
hydra 3.1.4(default)
icommands iPlant(default)
idba 1.1.3(default)
iigb_utilities 1(default)
ima2p 2015-10-19(default)
impute2 2.3.2(default)
infernal 1.1.1(default)
instruct 20160119(default)
intel 10.1(default)
interproscan 5.11-51.0 5.13-52.0 5.14-53.0 5.15-54.0 5.20-59.0(default)
iprscan 5.11-51.0 5.13-52.0 5.14-53.0 5.15-54.0 5.20-59.0(default)
itpp 4.3.1(default)
japsa v1.6-10a(default)
java 6 6u43 7 7u40(default) 8 8u25
jellyfish 1.1.11 2.2.0(default)
kaiju 1.4.4(default) f81d2ca
kalign 2.04(default)
kallisto 0.42.4(default)
kent 318(default)
lammps 16Feb16(default)
last 737 755(default)
lefse 2a63b32(default)
less-highlight 1.0(default)
libpll 1.0.11(default)
libsequence 1.8.5(default)
libsvm 3.20(default)
linkimpute 1.1.1(default)
lp_solve 5.5(default)
mafft 7.221 7.222 7.271(default)
magic-blast 1.0.0(default)
main/R 3.2.3-dev
maker 2.28 2.31.8
mapsembler2 2.2.4(default)
mash 1.1.1(default)
masurca 2.3.2(default)
maui 3.3.1(default)
maxbin 2.2.1(default)
mcl 14-137(default)
mcscan 4cfe0f5(default)
megahit 1.0.6 1.1.1(default)
meme 4.10.1(default)
metabat 0.32.4
microbiometil r20110519(default)
migrate-n 3.6.11 4.2.8(default)
mira 4.0.2(default)
miranda 3.3a(default)
mirdeep 2.0.0.8(default)
mitoprot 1.101(default)
mothur 1.36.1(default)
mpiblast 1.6.0(default)
mpich 3.1.4(default)
mrbayes 3.2.6(default)
msABC 20120315(default)
msbayes 20140305(default)
multigems 1.0(default)
mummer 3.23(default)
muscle 3.8.425(default)
mutt 1.5.23(default)
namd 2.10(default) 2.10_cuda 2.10_gpu
nanopolish v0.5.0-45-g6406f78(default)
ncbi-blast 2.2.25+ 2.2.26 2.2.26+ 2.2.29+ 2.2.30+(default) 2.2.31+ 2.3.0+ 2.4.0+ 2.5.0+
ncbi-rmblast 2.2.28(default)
ncbi_tools 1.9(default)
nseg 6-21-1998(default)
oases 0.2.09(default)
octave 4.0.0(default)
openbabel 2.3.2(default)
opencv 3.1.0(default)
openmpi 2.0.1-slurm-16.05.4(default)
openmx 3.8(default)
orthomcl 2.0.9(default)
pagan 0.56(default)
paml 4.8a 4.9(default)
pantherscore 1.03(default)
parallel 20151222(default)
pbs-drmaa 1.0.18(default)
pbwa 1.21009(default)
pbzip2 1.1.12(default)
pdsh 2.29(default)
peakseq 1.31(default)
pear 0.9.10(default)
pecnv 0.1.8(default)
perl 5.16.3 5.20.2(default) 5.22.0 5.24.0
phase 2.1.1(default)
phobius 1.01(default)
phonopy 1.10.0(default)
phred-phrap-consed 0.990329(default)
phylip 3.696(default)
phylobayes 3.3f 4.1c(default) mpi-1.5a mpi-1.7a mpi-1.7b
phyml 3.1(default)
picard 1.130 2.6.0(default)
pilon 1.20(default)
pindel 0.2.5a7(default)
pipits 1.4.0(default)
pita 6(default)
plink 1.07 1.90b3.38(default) 1.90b3v
poreminion 0.4.4(default)
primer3 2.3.6(default)
prinseq 0.20.4(default)
prodigal 2.6.2(default)
prokka 1.11(default)
proteinortho 5.15(default)
provean 1.1.5(default)
python 2.7.12 2.7.5(default) 3.4.3 3.6.0
qiime 1.9.1(default)
qualimap 2.1.3(default)
rascaf 1.0.2(default)
ratt 20160928
rclone 1.33(default)
repet 2.5(default)
ribotaper 1.3.1(default)
rna-seqc 1.1.8(default)
rnammer 1.2(default)
root 6.06.06(default)
rsem 1.2.21(default)
rstudio 0.99.451(default)
ruby 2.3.0(default)
sailfish 0.8.0(default)
salmon 0.5.1(default)
sambamba 0.5.9(default)
samtools 0.1.19 1.2 1.3(default)
sas 9.4(default)
scythe 0.981(default)
selestim 1.1.4
seqmonk 0.34.1
seqtk 281537b(default)
sequin 15.10(default)
sga 0.10.14(default)
shapeit 2.12(default)
shoremap 3.0(default)
sickle 1.33(default)
signalp 3.0 4.1c(default)
sim4 2012-10-10(default)
slurm 16.05.4(default)
smalt 0.7.6(default)
smis 2015-01-08(default)
snap 0.15.4(default)
snoscan 0.9b(default)
snpEff 4.1G 4.1K(default)
soap2 2.20(default)
soapsv 20120824
sortmerna 2.0(default)
spectra git-5138871(default)
speedseq a95704a(default)
sprkkr 6.3.2(default)
sratoolkit 2.5.0 2.8.1(default)
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stacks 1.19 1.32(default) 1.40
stampy 1.0.2(default)
stringtie 1.2.4(default)
structure 2.3.4(default)
subread 1.4.6(default)
surface-evolver 2.70(default)
tRNAscan 1.23 1.3.1(default)
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validator 936077c(default)
varscan 2.3.9(default)
vcflib 20160719(default) 2ba1c50b5d
vcftools 0.1.13(default)
velvet 1.2.10(default)
velvetoptimiser 2.2.5(default)
viennarna 2.1.9(default)
vim 7.4 7.4.1952(default)
vsearch 1.10.2 1.11.1 2.3.2(default)
weblogo 2.8.2(default)
wgs-assembler 8.3rc1 8.3rc2(default)
wgsim 0.3.1-r13(default)
wien2k 14.2(default)
wiggletools 8088a17(default)
wu-blast 2006-04-19(default)
xband 6.3(default)
yeppp 1.0.0(default)
zorro 2.2(default)